Адміністратори альтернативних інвестиційних фондів, як правило, стягують щорічну комісію за управління, яка є вищою, ніж у традиційних фондів, щоб покрити витрати на спеціалізовані інвестиційні команди, комплексну перевірку, складні юридичні структури та моніторинг неліквідних активів. 

Багато альтернативних інвестиційних фондів мають комісію за результати діяльності (carry), наприклад, відсоток від прибутку, отриманого понад певний поріг (hurdle rate). Теоретично це узгоджує інтереси менеджера з інтересами інвестора, але може також створювати стимули для прийняття додаткових ризиків, якщо структура не є добре продуманою. 

• Торгові та операційні витрати. Інвестиції в неліквідні активи вимагають юридичної, податкової та технічної перевірки (особливо для нерухомості, інфраструктури, кредитів). Існують витрати на консультації, оцінку, аудит, зберігання та звітність, які покриваються фондом і, отже, опосередковано інвестором. 
• Витрати на структурування та фінансування. Фонди, що використовують левередж (кредити на рівні фонду або інвестиційних інструментів), несуть витрати на відсотки та організацію фінансування. Вони збільшують ризик, але можуть також підвищити прибутковість — важливо бачити, який левередж використовує фонд.